Metsäojitettu suo on ilmastovaikutuksiltaan monella tapaa erilainen kuin maatalouteen tai turpeennostoon ojitettu suo. Muissa käyttömuodoissa turpeen nopea hävikki johtaa suuriin hiilidioksidi- ja typpioksiduulipäästöihin (Ojanen ym. 2020). Metsäojitetulla suolla turpeen hävikki on selvästi hitaampaa kuin pelloilla tai turpeennostoalueilla. Metsäojitetuilla soilla myös kasvavan puuston hiilinielu voi olla yhtä suuri tai suurempi kuin turpeen hiilen hävikki. Puuston hiilivaraston muutokset eivät myöskään ole samankaltaisia vuodesta toiseen, vaan vaihtelevat voimakkaasti puuston kasvusta ja hakkuista riippuen. Metsänhoitotoimenpiteitä ja hakkuita tehdään vain kymmenien vuosien välein, joten niiden vaikutus ei ole mukana maaperän vuotuisten päästöjen arvioissa, vaan ne täytyy käsitellä erikseen. Maataloudessa ja turpeennostossa samat toimenpiteet toistuvat vuosittain, joten niiden vaikutukset sisältyvät yleensä maaperän päästöarvioihin. Oman lisänsä metsäojitetun suon ilmastovaikutusten arviointiin tuo se, että ojien lisäksi puuston maaperästä haihduttamalla ja sateesta latvuksiinsa pidättämällä vedellä on merkittävä vaikutus pohjavedenpinnan syvyyteen ja sitä kautta turpeen hävikkiin. Puusto vaikuttaa myös suon säteily- ja energiataseeseen ja on merkittävä haihtuvien orgaanisten aineiden lähde.